از لحاظ کارایی (performance) پایگاه داده MangoDB که جز پایگاه دادههای NoSQL ای و سند محور (document-store) محسوب میشود از پایگاهداده رابطه ای MySQL بهتر است. دلایل اصلی این توفق را می توان این چنین برشمرد:
1. MangoDB از مدل تراکنشی BASE استفاده می کند که سربار (overhead) کمتری نسبت به مدل تراکنشی ACID در MySQL تحمیل می کند.
2. استفاده از ساختارهای درون حافظه ای (in-memory)
ازلحاظ سرعت insert, update, delete دادههایی با سایزهای متفاوت کارایی MangoDB از MySQL, MS SQL Server, Oracle بهتر است. ولی برای MangoDB هم می توان نقاط ضعفی را برشمرد:
1. کارایی ضعیف تر در استفاده از توابع تجمعی (aggregate functions). درخصوص جستارهای تجمعی یا انبوهشی (aggregation query) مانند average,sum,max,.. که نیازمند گروهبندی داده هاست(مثل دستور group by در SQL) در MangoDB لازم است تا خود به کمک مدل برنامه نویسی موازی نگاشتکاهش (MapReduce) توابع تجمعی خود را به لخواه پیادهسازی کنید. این نقص هم در نسخ جدید این پایگاهداده مرتفع میگردد.
2. کارایی ضعیف تر جستارها بر اساس مقادیر غیرکلید querying based on non-key values)
3. در MangoDB خبری از الحاق (join) نیست. تصمیم بر سر ارتباط اسناد در MangoDB که می تواند بهصورت مرجع داخلی یا خود فایل به صورت تودرتو در اسناد دیگر باشد می تواند در کارایی تاثیرگذار باشد.
4. MySQL یک استاندارد صنعتی (industry standard) است و به طور گسترده تری نسبت به MangoDB تحت حمایت است و امکانات بیش تری برایش وجود دارد و باگ های بسیاری در آن رفع گردید است.
