در تکمیل جواب دوستان باید بگم که در زمینه stored procedure، پایگاه داده SQL Server از این نظر قویتر از MySQL است، SQL Server از T-SQL برای نوشتن stored procedure استفاده می کند که امکانات بیشتری دارد.
MySQL قابلیتی بنام Storage Engine دارد که به توسعه دهندگان امکان تعریف نوع موتور ذخیره سازی جدید برای جداول را می دهد، به بیان ساده تر در MySQL می توان برای جداول نیز نوع تعریف کرد (مانند MyISAM, InnoDB, Merge, Memory, Archive, Cluster) اما SQL Server این قابلیت را ندارد.
در مورد محبوبیت بیشتر SQL Server هم باید بگم احتمالا منظورتون در ایران بوده. چون طبق رده بندی سایت معتیر DB-Engines، پایگاه داده MySQL در رتبه 2 و SQL Server در رتبه 3 محبوبترین پایگاه داده های دنیا قرار دارند. به نظر من دلیل استفاده بیشتر در ایران هم معیارهای خاصی است که در ایران وجود دارد مانند علاقه زیاد به محصولات، ابزارها و پلتفرم های شرکت مایکروسافت یا ساده بودن نصب و وجود ابزار های ویژوال برای SQL Server و اهمیت ندادن به اجرای نرم افزار ها برروی سایر سیستم عامل ها و همچنین پول ندادن برای خرید نرم افزار.