در پیاده‌سازی سامانه‌های توکار، در صورتی که نیاز باشد، می‌توان از سیستم‌عامل‌های مختلفی استفاده کرد. مثلاً در بسیاری سامانه‌ها که در ساختار ساده هستند، اما نیاز به پروتکل‌های شبکه دارد، می‌توان از سیستم‌عامل ویندوز به صورت ساده شده استفاده کرد. در این مورد انتخابهای مختلفی وجود دارد، برای مثال برخی خودپردازها از ویندوز ۹۸ خلاصه شده استفاده می‌کنند. سامانه‌های جهت‌یاب رادیویی ساخت صنایع داخلی در نسخه‌های مختلف از داس ۵، ویندوز ۹۸، ویندوز سی‌ایی (Windows CE)، ویندوز اکس‌پی نهفته (Window XP Embedded) استفاده می‌کنند. برخی سیستم‌های مخابراتی ساخت ایران از سیستم‌عامل‌های نهفته VxWorks یا eCos استفاده می‌کنند که دومی سیستم‌عامل متن‌باز شرکت سیگنوس است و در حاضر توسط شرکت eCos Centric پشتیبانی می‌شود. لینوکس نهفته هم انتخاب دیگری است که می‌توان از آن برای این قبیل توسعه استفاده کرد.
