تقریبا میشه گفت اینها به هم ربطی ندارند. PersistenceUnit مفهومی در JPA است که معادل تعریف مشخصات یک دیتابیس است و نقطه آغازین تنظیمات برای اتصال به یک دیتابیس و کار با آن از طریق JPA است. با استفاده از می توانیم اشیاء EntityManager بسازیم ولی انوتیشن Autowired و مفهوم autowiring برای Spring Framework است که با استفاده از قابلیت dependency injection که در Spring Container وجود دارد اشیاء مناسب درون فیلدهایی که با انوتیشن Autowired مشخص شده اند inject می شود.
