برنامه هایی که برای موبایل های جاوا تولید شده اند و برنامه هایی که برای اندروید تولید شده اند فقط از نظر زبان برنامه نویسی جاوا با هم مشترک هستند، و کتابخانه های و محیط اجرایی آنها با هم تفاوت دارد. برنامه های تولید شده برای موبایل های جاوا (که معمولا پسوند jar دارند) از کتابخانه های Java ME استفاده می کنند و برروی پلتفرم و محیط اجرایی Java ME اجرا می شوند ولی برنامه های تولید شده برای اندروید (که معمولا پسوند apk دارند) از کتابخانه های اندروید استفاده کرده و برروی محیط اجرایی آن اجرا می شوند.
برنامه هایی هستند که محیط اجرایی Java ME رو برروی اندروید شبیه سازی می کنند، این برنامه های امکان اجرای فایل های jar برروی موبایل های اندرویدی را می دهند ولی مشکل کار اینجاست که این شبیه سازی کامل نیست و به همین دلیل بعضی برنامه ها برروی این شبیه ساز اجرا نمی شوند.
پ.ن. امیدوارم منظور سوالتون رو درست متوجه شده باشم.