مراحل انجام خالکوبی به طور معمول به صورت زیر است:
ابتدا خالکوب، دست های خود را با صابون های ضدباکتری می شوید.
موهای آن بخش از بدن که قرار است خالکوبی روی آن انجام شود، کاملا تراشیده خواهدشد و طرح موردنظر روی بدن ترسیم می شود. پس از تکمیل شدن طرح، این ناحیه کاملا تمیز و ضدعفونی شده و به روی آن وازلین مالیده می شود.
خالکوب با استفاده ای سوزن و یا دستگاه خالکوبی، طرح کشیده شده را آماده تزریق جوهر می کند. سپس با تمیز کردن دوباره این ناحیه، جوهر با رنگ های مختلف را تزریق می کند. خون ریخته شده از جراحت های ناشی از سوزن، با دستمال و یا حوله یکبار مصرف و البته استریل شده، تمیز می شود. سپس محل خالکوبی شده بانداژ می شود.
خالکوبی در وضعیت غیربهداشتی، می تواند فرد را در معرض عفونت های ویروسی مانند هپاتیت، عفونت باکتریایی پوست یا درماتیت (التهاب و آماس پوست)، قرار دهد. پسوت اولین سد دفاعی بدن در برابر ورود میکروب ها است و با تشو کردن این سد دفاعی مورد تهاجم قرار می گیرد، چون در این فرایند، سوزن در یکی از سدهای دفاعی بدن نفوذ می کند و همراه خود عوامل میکروبی را وارد بدن می کند.
رنگ های تتو هم ممکن است واکنش های ایمنی بدن را تحریک کند.باانجام تتو سلول ها، ملتهب، بنفش رنگ و به صورت دانه های تسبیح برجسته می شوند. افرادی که سابقه نقص سیستم ایمنی بدن دارند، باید دور تتو را خط بکشند. برخی از افراد نیز به جوهر خالکوبی، واکنش های حساسیتی نشان می دهند و اگر کسی مکشلاتی مانند اگزما داشته باشد، خالکوبی وضعیت او را بدتر می کند. بسیاری از رنگ های تتو فقط از مرکب ساخته شده اند و عوارض پوستی شدیدی ایجاد می کنند.
در اطراف ناحیه ای که رنگ تتو تزریق شده است، شایعه هایی به نام گرانولوما به وجود یم آید که پُر از سلول های ماکروفاژ (گلبول های سفید بیگانه خوار) است که تلاش می کنند رنگ تتو را ببلعند و از پوست پاک کنند، به خصوص اگر رنگ تتو حاوی جوهر قرمز باشد. همچنین در محل تتو ممکن است کلویید (برآمدگی در محل التیام زخم) ایجاد شود که افراد سیاه پوست بیشتر مستعد ابتلا به آن هستند. از آنجایی که هنگام خالکوبی تزریق زیر پوست انجام می شود، احتمال ابتلا به بیماری ایدز، هپاتیت B و هپاتیت C وجود دارد.
