تجربه شخصی من میگه این کار رو نکنید چون خیلی دردسر داره ولی اگه تمایل به انجام این کار دارید بهتره که پلاگین play-ebean را از github بگیرین و خودتون build کنید برای اینکه به مشکل binary incompatibility نخورین.
برای این کار توی فایل build.sbt پروژه play-ebean، ورژن پروژه و ورژن dependency مربوط به Ebean رو تغییر بدین و پروژه رو کامپایل و publish-local کنید.
در نهایت بجای استفاده از sbt-play-ebean از نسخه سفارشی خودتون استفاده کنید.
البته من اصلا این کار رو توصیه نمی کنم چون ممکنه بدلیل وابستگی های دورنی Play به Ebean 4.5 کلا Play با Ebean 6.9.1 کار نکنه ولی یه بنده خدایی مثل اینکه این کارو برای Ebean 4.7 کرده و جواب گرفته.