از نظر زیرساختی این دو توزیع بر پایه اوبونتو می باشند و هر جزء توزیع های رسمی برپایه اوبونتو هستند که توسط شرکت کانونیکال حمایت می شوند (Lubuntu به تازگی بعنوان توزیع رسمی برگزیده شده است).
تفاوت اصلی این دو توزیع در محیط میزکاربری (Desktop Environment) آنها است، Lubuntu برپایه میزکار LXDE و Xubuntu بر پایه میزکار Xfce می باشد.
LXDE و Xfce هر دو جرء سبک ترین (از نظر مقدار مصرف حافظه رم) میزکاری های لینوکس هستند (البته LXDE کمی سبکتر است) از نظر قدمت Xfce میزکار قدیمی تری است. از نظر امکانات و نرم افزارهای پیش فرض به نظر من Xfce مجموعه کاملتری از نرم افزارها و امکانات را عرضه می کند برای مثال Thunar نرم افزار File Manager پیش فرض در Xfce امکانات بیشتری نسبت به PCMan نرم افزار File Manager در LXDE عرضه می کند یا پنل ها در Xfce بسیار انعطافپذیرتر از پنل های LXDE می باشد.
