با توجه به تجربه خودم خدمتتون عرض کنم تفاوت در نگه داشتن سیر تغییرات هست ، rebase تمامی کامیت ها رو روی شاخه اصلی ثبت می کنه اما merge تغییرات رو در شاخه نگه می داره و فقط در یک نقطه به شاخه اصلی میرسه.
اگر سیستم کاری جوری باشه که برای هر تغییر کوچیک یک branch ایجاد می کنید بهتره به جای merge از rebase استفاده کنید تا در آینده با هزاران branch در تاریخچه commit هاتون مواجه نشید در غیر اینصورت اگه دوست دارید تغییرات همچنان به صورت شاخه های چسبیده به شاخه اصلی باقی بمونند از merge استفاده کنید.
من خودم به شخصه برای bug-fix ها از rebase و برای feature ها از merge استفاده می کنم، در نهایت نوع جریان کاری تون مشخص میکنه که از کدومش استفاده کنید.