از تفاوت های مشهود این دو orm قابلیت ارتباط با تکنولوژی هایی هست که برای توسعه انتخاب شده اند.
مثلا اگر از Nhibernate استفاده کنید چون برای .NET هست Linq رو پشتیبانی میکنه که در Hibernate این قابلیت وجود ندارد و برعکس در جاوا فریم ورک هایی مثل spring از Hinernate پشتیبانی می کنند که در Nhibernate وجود ندارد.
یعنی اکثر تفاوت ها به خاطر بستری هست که کار می کنند.