هر دو یونیت % , em شباهت هایی دارند اما تفاوت در این است که em با اندازه فونت وابسطه است در صورتی که % به بلاک پیرامون وابسطه است دقیقا برعکس تعریف شما در بالا
برای اطلاعات بیشتر به این ادرسها مراجعه کنید
http://css-discuss.incutio.com/wiki/Em_Vs_Percent_Widths
http://kyleschaeffer.com/user-experience/css-font-size-em-vs-px-vs-pt-vs/