برای این کار شما باید Spring Data JPA رو طوری کانفیگ کنید که بتواند با دو دیتابیس کار کند و همچنین Spring Configuration های جداگانه برای Entity های هر دیتابیس تعریف کنید. در هر Spring Configurstion باید DataSource، EntityManagerFactory و TransactionManager جداگانه تعریف کنید.
جزئیات و ریزه کاری های زیادی وجود داره که می تونید از این سایت بهمراه Sample Code مشاهده کنید.
