برای مراجع می‌توانید از Citations and Bibliography که در روبان Reference هست استفاده کنید. اطلاعات مراجع را در قسمت Manage Source وارد می‌کنید و هر جا لازم شد به آنها ارجاع می‌دهید و در آخر هم فهرست مراجعی که استفاده کردید را درج می‌کنید. البته اگر از برنامه‌ای مثل Mendely هم استفاده کنید قسمتی به Word اضافه می‌کند و کار با آن هم راحت است و امکانات بیشتری در اختیارتان قرار می‌دهد.
در مورد فهرستهای مطالب باید سبک(Style) مناسبی برای قسمت‌های مختلف در نظر بگیرید(و یک نوع شماره‌گذاری هم به سبک‌های مورد نظر نسبت دهید) تا در انتها به راحتی بتوانید از آنها فهرست درست کنید.
برای فهرست شکلها و جداول و ... هم می‌توانید از ویژگی Caption در Word استفاده کنید یا اینکه مثل فهرست مطالب از سبکها استفاده کنید. اما توجه کنید که در هر صورت برای هر مقوله(شکل، جدول، نمودار و...) یا از سبکها استفاده کنید یا از Caption و این طور نباشد که بعضی از جداول با سبکها شماره‌گذاری شوند و بعضی از آنها با Caption.
در کل نوشتن همه اینها وقت زیادی می‌برد و ویدیوهای آموزشی زیر را پیشنهاد می‌کنم:
آموزش نکته های کاربردی و پیشرفته Microsoft Word
آموزش ویدئویی نرم افزار مدیریت رفرنس مندلی (Mendeley)
