این مشکل معمولا به خاطر فونت پیش میآید اما چون گفتید که توی PDF این مشکل را دارید شاید نرمافزاری که برای تبدیل به PDF استفاده میکنید کاملا با زبان فارسی سازگار نیست. از روشهای گفته شده در این سوال برای تبدیل استفاده کنید.
اگر نتیجه نگرفتید فونت متن را عوض کنید. مثلا از فونتهای سری B استفاده کنید.
یا اگر تمایلی به تغییر فونت ندارید حرف ی را در فایل ورد با ي جایگزین کنید. البته این روش استانداری نیست.