کاربردهای پزشکی و گندزدایی الکل به دلیل نفوذ فوق العاده به داخل منافذ و حفره ها وایجاد تجمع و انعقاد در پروتئين‌‌هاي ساختار سلولی میکروب و باکتری های گرم مثبت و منفی و باکتری های مقاوم به اسید با غلظت 70 تا 80 درصد موجب مرگ عوامل میکروبی می شوند. کندی عملکرد الکل باعث می شود که زمان کافی برای نفوذ به ساختار باکتری ها داشته باشد و سپس پروتئین های باکتری را لخته کند و باکتری را بدین ترتیب از بین ببرد.
لازم به ذکر است که برخلاف تصور متداول میزان خلوص الکل هیچ ارتباطی با میزان خاصیت ضدعفونی کننده آن ندارد و چه بسا الکل هایی با درصد خلوص پایین تر بهتر برای این منظور بهترعمل می کنند.
