یک Layout مثل FlowLayout به JFrame خود بدهید و سپس با استفاده از مت add کلاس JFrame این کار را انجام دهید. تنها نکته ای که وجود دارد این است که پس از این کار متد revalidate کلاس JFrame را فراخونی کنید:
frame.setLayout(new FlowLayout());
JPanel panel1 = new JPanel();
frame.add(panel1);
frame.revalidate();