به نظر من استفاده از کتابخانه Reflections ساده ترین و کم دردسر ترین راه است:
Reflections reflections = new Reflections("my.project");
Set<Class<?>> annotated = reflections.getTypesAnnotatedWith(SomeAnnotation.class);
کد بالا تمام کلاس های درون پکیج my.project که SomeAnnotation بر روی آنها خورده است را بر می گرداند.