اینکه چطور هست فرقی نمی کنه باید با unix , linux اشنای داشته باشید . به فرض مثال من می خوام یک اسکریپتی رو که برای تست گرفتن مشخصات فردی خاص در Github هست رو الان در terminal اجرا کنم :
php -f curl-gist.php

خوب این بود هیچ تفاوتی با هم ندارند همون طوری که دید.
ولی برای خود shellScript با php اینطور که اول امضا php رو اول کد اضافه کنید اگر نمی دونی مشکلی نیست تایپ کن :
which php

بعد از اون هم که توابع سیستم عامل رو باش اجرا کنی به عبارتی Cli-Base کار کنی با متد exec و shell_exec سر کار دارید .
