مهمترین مزیت فایل سیستم NTFS به FAT32 امنیت آن است، منظور از امنیت این است که احتمال از دست رفتن اطلاعات در صورت بروز حوادثی مانند قطع برق و یا هنگ کردن سیستم در NTFS کمتر است. دلیل این امر نیز عملیات Journaling است که در فایل سیستم NTFS انجام می شود اما در فایل سیستم FAT32 انجام نمی شود.
محدودیت دیگر در FAT32 اندازه فایل ها است که حداکثر می تواند 4 گیگابایت باشد.
علاوه بر این در NTFS امکان رمزگذاری اطلاعات وجود دارد.