خوب شما می تونید جا اینکه از NetBeans استفاده کنید DataBase خودتون رو با یک برنامه مدیریت دیتابیس مانند
MySQL Workbench و بعد از پروژه خود را در netBeans ساخته سپس در قسمت Service دیتابیس خود را با استفاده از Mysql Connector به پایگاه داده انجام بدید در واقعه به mysql connector یک Diver می گویند جدا از اینها دقت کنید که JAVADB نصب باشد ،و اینکه اگر می خواهید بدون درد سر بدونید JAVADB پیشتبانی میشخه به مسیر JDK نصب شده رفته و از بودن Folder Db مطمئن شویید.
شما نگفتید Desktop Application یا Web Developerment مورد نظرتون هست ولی برای ارسال Query در جاوا یک مثال ساده:
Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver") ;
Connection conn = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost:3306/NamehDB", "Root", "PASS") ;
Statement stmt = conn.createStatement() ;
String query = "select NamehSOTON from nameJAdval ;" ;
ResultSet rs = stmt.executeQuery(query) ;