بستگی به فریم ورک non bloking که ارش استفاده می کنید داره. اگر فریم ورک non bloking فقط event loop داشته باشه و هیچ مکانیزمی برای کار های bloking نداشته باشه، کلا perfomance سیستم پایین میاد و زیر لود بالا احتمالا Java EE بهتر عمل می کنه.
اگر فریم ورک non bloking مکانیزمی برای کار های bloking داشته باشه در اینصورت اوضاع بهتره و عملکرد بهتری نسبت به Java EE خواهیم داشت.
در کل از معایب بزرگ Java EE می توان به Stateful بودن، Heavyweight بودن و agile نبودن اشاره کرد ولی اکثر فریم ورک non bloking که جدیدا بوجود آمده اند این معایب را ندارند.
پیشنهاد بنده این است که حتی در حالتی که شما گفته اید نیز در صورتی که scalability برای شما مهم است از Java EE استفاده نکنید. البته تعریف scalability خودش خیلی حرف داره چون اکثر پروژه ها اصلا نیازی به scalability ندارند برای مثال در پروژه هایی که من تا بحال توشون کار کردم فقط پروژه یکی دو پروژه بوده که واقعا نیاز به scalability داشته.