JDO یک استاندارد برای ذخیره سازی اشیاء (Java object persistence) در جاوا و همچنین استاندارد ORM نیز است در حالی که JPA فقط یک استاندارد ORM در جاوا است (object-relational mapping).
هدف طراحی JPA، ایجاد یک استاندارد ORM برای پایگاه داده های رابطه ای (RDBMS) است در حالی که JDO از نظر API هیچ وابستگی به تکنولوژی ذخیره سازی در لایه های زیرین ندارد.
JPA استاندارد ORM در Java EE است اما JDO خیر ولی می توان از JDO در Java EE نیز استفاده کرد علاوه بر این JDO بعنوان استاندارد لایه persistence در Google App Engine نیز استفاده می شود.
در این لینک مقایسه دقیقتر و با جزئیات فنی بیشتر بین JPA و JDO انجام شده است.
در کل JDO از نظر امکانات به JPA برتری دارد ولی استاندارد بودن و فراگیر بودن JPA بسیار بیشتر از JDO است.
