1- ابتدا باید برای MySQL نصب شده بر روی سرور یک bind-address تعریف کنید. برای این کار ip سرور خود را در فایل /etc/mysql/my.cnf در خط bind-address اضافه کنید.
2- حال باید به کاربری که می خواهید از سیستم Remote به MySQL وصل شود دسترسی بدهید:
mysql -u root -p mysql
mysql> GRANT ALL ON *.* TO root@'%' IDENTIFIED BY 'yourpassword';
البته دستور فوق به کاربر root دسترسی به تمام دیتابیس ها از هر ip را می دهد که می توانید آن را محدود کنید.
3- MySQL را restart کنید:
sudo service mysql restart
پ.ن. در صورتی بر روی اوبونتو شما firewall نصب است باید تنظیمات لازم برای دسترسی به پورت 3306 و IP را انجام دهید.