ظرف‌هایی که برای استفاده در مایکروویو انتخاب می‌شود، باید قابلیت عبور اشعه را داشته باشد تا این اشعه بتواند به غذا نفوذ کند بنابراین ظرف‌های فلزی یا دارای روکش فلزی و نیز فویل‌های آلومینیومی که اشعه مایکروویو را منعکس می‌کند، نباید در مایکروویو استفاده شود.
بهتر است برای پخت غذا در مایکروویو از ظروف شیشه‌ای و پلاستیکی مخصوص استفاده شود که در این میان ظروف شیشه‌ای بهتر و مناسب‌تر است. البته فراموش نکنید که ظروف پلاستیکی معمولی به هیچ‌وجه برای استفاده در مایکروویو مناسب نیست، چون در اثر حرارت زیاد، ساختار شیمیایی آنها تغییر می‌کند و مواد سمی وارد غذا می‌شود.
تنها ظروف پلاستیکی مخصوص مایکروویو که روی آنها نیز ایمنی استفاده در مایکروویو ذکر شده، برای استفاده در این دستگاه مناسب است.
ظرفی که همراه غذا در مایکروویو خودش هم گرم می‌شود برای استفاده در این دستگاه مناسب نیست و ظروفی پیشنهاد می‌شود که حین گرم‌شدن غذا، سرد باقی بماند.
بنابراین برای این‌که ظرف مناسب را تشخیص دهید، بهتر است آن را به مدت یک دقیقه داخل مایکروویو قرار دهید و پس از آن حرارت ظرف را کنترل کنید؛ اگر ظرف گرم بود، اصلاً مناسب استفاده نیست، اگر ولرم شد برای دوباره گرم کردن غذا می‌توانید از آن استفاده کنید و اگر سرد باقی مانده بود برای پخت غذا هم مناسب است.
استفاده از ظروف گرد یا بیضی شکل بهتر از ظروف مربع است، چون در این ظروف تمام قسمت‌های غذا به طور یکنواخت حرارت می‌بیند، اما در ظروف مربعی شکل، کناره‌های غذا بیشتر می‌سوزد. ظروف گود هم به علت این‌که سطح تماس بیشتری ایجاد می‌کند برای گرم کردن غذا در مایکروویو مناسب‌تر است.
