به پروژه هایی که پوشه .idea برای آنها تولید می شود directory-based می گویند که از ساختار پروژه ها در Eclipse الهام گرفته شده است (جدیدتر از ساختار ipr است) و بر پایه XML است و مزیت آن جداسازی تنظیمات مختلف پروژه در فایل های جداگانه است که سبب می شود تنظیمات اشتراکی راحتتر توسط اعضای تیم به اشتراک گذاشته شود.
در ساختار ipr یا file-based کل تنظیمات پروژه در دو فایل .ipr و .iws ذخیره می شود که مزیت ignore کردن راحتتر تنظیمات پروژه در version control ها را بهمراه دارد، بدلیل اینکه کافی است شما فقط این دو فایل را ignore کنید.
