کاملا بستگی به تکنولوژی ها و کتابخانه هایی که استفاده می کنید داره، برای مثال اگر از stack Java EE استاندارد استفاده می کنید (JSF, EJB و JPA) به نظر من NetBeans پشتیبانی خوبی می کنه و گزینه بهتریه. اما بسیاری از کتابخانه، ابزار ها و فریم ورک ها فقط برای Eclipse پلاگین دارند و این نقطه برتری Eclispe است.
اما در کل من از Eclipse فراریم و تا حد ممکن سعی می کنم از NetBeans یا IntelliJ IDEA استفاده کنم.
