اولین تفاوتی که درباره این دو وب سرور می توانم گفت در مجوز (License) آنهاست، آپاچی یک وب سرور اوپن سورس است در حالی که IIS تجاری می باشد.
آپاچی برروی سیستم عامل های مختلف قابل نصب است در حالی که IIS فقط برروی ویندوز نصب می شود.
تفاوت دیگر این دو وب سرور در پشتیبانی از تکنولوژی های تولید برنامه های تحت وب است، IIS بصورت کامل از ASP.NET پشتیبانی می کند در حالی که آپاچی پشتبیانی کاملی از ASP.NET ندارد (با استفاده از ماژول mod_aspdotnet).
در حالی که هر دو وب سرور از تکنولوژی های اوپن سورس تولید برنامه های تحت وب (مانند CGI, perl ,PHP و پایتون) پشتیبانی می کنند اما آپاچی کارایی (performance) بهتری برای این موارد دارد.
